Duże przedsiębiorstwa strefowe, działające w oparciu o tzw. skonwertowane stare zezwolenia, będą mogły rozliczać pomoc publiczną do końca 2026 roku, zamiast do czasu, na jaki uzyskały pierwotne zezwolenie.
9 lipca 2022 roku w Naczelnym Sądzie Administracyjnym (a wcześniej w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym w Rzeszowie) zapadł wyrok potwierdzający prawo dużych przedsiębiorców, działających w specjalnych strefach ekonomicznych na podstawie skonwertowanych zezwoleń wydanych przed 1 stycznia 2001 roku, do stosowania pomocy publicznej (zwolnienia podatkowego) do końca okresu, na jaki ustanowiono strefę, a nie na czas, na jaki wydano pierwotne zezwolenie.
Czego dotyczyło postępowanie?
Postępowanie, wobec którego zapadł wspomniany wyżej wyrok, dotyczyło interpretacji indywidualnej, w której organ podatkowy stał na stanowisku, że podatnicy posiadający status dużych przedsiębiorców oraz mający zezwolenia strefowe uzyskane przed 1 stycznia 2001 roku, mają prawo do wykorzystania przyznanej im pomocy publicznej wyłącznie w czasie wynikającym z udzielonego im zezwolenia.
Potrzebujesz wsparcia w zakresie rozliczeń finansowo-księgowych? Sprawdź >> outsourcing finansowo-księgowy Grant Thornton <<
Stare zezwolenia a nowe?
Stare zezwolenia były terminowe i wygasały zazwyczaj w okresie między latami 2015 a 2017, co zapoczątkowało spory przedsiębiorców z organami podatkowymi. Wspomniany problem nie dotyczył nowych zezwoleń wydanych po roku 2001, ponieważ co do zasady wygasają one w momencie przekroczenia limitu pomocy publicznej. W konsekwencji posiadacze starych zezwoleń mieli wpisany termin ich ważności, a posiadacze nowych nie mieli wzmianki o ważności zezwolenia.
Stanowisko spółki
Omawiany wyrok NSA dotyczył spółki, która w 1997 r. uzyskała zezwolenie na działalność w jednej spośród SSE. Termin wygaśnięcia zezwolenia przypadał w październiku 2015 r., a spółka do tego czasu nie wyczerpała limitu pomocy publicznej. Spółka stała na stanowisku, że w momencie upływu pierwotnego terminu ważności, zezwolenie nie wygasło, ponieważ wystąpiła o konwersję starego zezwolenia zgodnie z nowelizacją ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych i niektórych innych ustaw z 2 października 2003 r. Celem wspomnianej nowelizacji ustawy o SSE z 2003 r. było zrównanie statusu dużych przedsiębiorców bez względu na termin uzyskania zezwolenia, a także dostosowanie ich sytuacji do nowych przepisów. Zdaniem spółki nowelizacja ustanowiła nowe warunki i powinna przedłużyć termin ważności starych zezwoleń.
Stanowisko KIS
Ze stanowiskiem spółki nie zgodził się Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, argumentując że wystąpienie z wnioskiem o konwersję zezwolenia (na podstawie art. 6 nowelizacji ustawy o SSE z 2003 r.) nie skutkowało zastosowaniem do tych przedsiębiorców wszystkich nowych zasad wynikających z nowelizacji ustawy o SSE, w tym zmiany terminu (wydłużenia) wykorzystania pomocy publicznej (zwolnienia podatkowego). W konsekwencji oznaczało to dla spółki, że jej zezwolenie straciło ważność w październiku 2015 r. i od tego momentu powinna płacić CIT.
Stanowisko WSA i NSA
Z interpretacją KIS nie zgodził się zarówno WSA w Rzeszowie (wyrok z 2 czerwca 2020 r., sygn. akt: I SA/Rz 233/20), jak i NSA. WSA w Rzeszowie stwierdził, że nowelizacja z 2003 r. budzi wiele wątpliwości interpretacyjnych, które są potęgowane przez sprzeczne orzecznictwo NSA.
Naczelny Sąd Administracyjny zgodził się ze spółką, że nowelizacja z 2003 r. zmieniła nie tylko kryteria przyznawania zezwoleń, ale też ich ważność. Wyrok NSA wskazuje, że przedsiębiorca, który przed 2001 r. uzyskał zezwolenie na działalność w specjalnej strefie ekonomicznej, może nie płacić CIT nawet po upływie pierwotnego terminu ważności zezwolenia. Jeżeli spółka zdecydowała się na konwersję posiadanego zezwolenia, które uzyskała w 1997 r., to wygaśnie ono albo z chwilą gdy spółka wyczerpie przysługujący jej limit pomocy publicznej, albo 31 grudnia 2026 roku.
Wyrok z 9 lipca 2003 r. jest nie tylko ważny dla konkretnego podatnika, ale również dla dużych firm strefowych, które poniosły znaczące wydatki inwestycyjne i nie zdążyły jeszcze rozliczyć przysługującej im pomocy publicznej.
